Koppelen
Secretarisvogels leven in paren en planten zich het gehele jaar voort mits er genoeg voedsel te vinden is. Ze bouwen hun nest boven op acaciabomen omdat die een vrij platte kruin hebben. Doordat giraffen die kruin elke keer bijsnoeien, wordt deze steeds dichter en ondoordringbaarder en vormt dan ook een ideale ondergrond. Ze slepen er takken, grasstengels en hele pollen gras op en bouwen soms jaren achtereen aan hetzelfde nest dat telkens zwaarder wordt en tenslotte meestal scheef gaat hangen of instort.
Broed
Secretarisvogels leggen per legsel 1 tot 3 eieren. De eieren worden 45 dagen bebroed door vader en moeder. De eieren hebben over het algemeen dezelfde grootte. Ze zijn helemaal wit of bleek blauw-groen gekleurd. De eieren zien er een beetje puntig uit. De eieren hebben een gemiddelde grootte van 78 x 56 mm.
Geboorte
Eieren worden met een interval van 2 tot 4 dagen gelegd en komen dus ook niet tegelijk uit. Bij de geboorte is het kuiken bedekt met lichtgrijze dons. Het hoofd lijkt in verhouding groot met de rest van het lichaam. De grote bruine ogen zijn binnen een paar uur geopend. Het masker van het kuiken is licht oranje gekleurd en de poten hebben een licht grijze kleur.
Zorg voor de jongen
Het mannetje en vrouwtje nemen samen de zorg voor de eieren en de jongen waar. Ze delen de taken. Na een nesttijd van 80 dagen verlaten de jongen het nest. Het jong krijgt nog 4 tot 8 weken les van de ouders in het vangen van een prooi en het vliegen. Hierna is het jong onafhankelijk geworden.